لإنجاز مهام وكالة التنمية في أحسن الظروف تم وضع تنظيم هيكلي ملائم، من بين أهم مكوناته 5 مديريات  :
المديرية العامة
مديرية التجميع
مديرية هندسة المشاريع
مديرية تدبير المشاريع
المديرية الإدارية والمالية
مديرية التجميع : ستعمل على تعبئة العقار من أجل توسيع الدوائر الفلاحية وكذا إحصاء الفلاحين وتسوية وضعية الأراضي مع المساهمة والمتابعة في عملية التحسيس والتواصل لدى الفلاحين بمشاركة المصالح الخارجية للوزارة الوصية وكذا إحصاء الفلاحين المتواجدين خاصة بالأراضي السقوية  
ولإنجاز مهامها تتكون مديرية التجميع من قسمين  :
قسم التعبئة والتجميع
قسم الإحصاء
أما مديرية هندسة المشاريع : فمن مهامها المساهمة في بناء مشاريع جديدة بعد تحليل المشاريع الموجودة وتقييم المشاريع المقترحة من طرف الفاعلين، الإعلان عن العروض والمشاريع والمساهمة في جلب المستثمرين ومانحي الأموال وتشجيع الاستثمارات الفلاحية عبر الشراكة مع الهيئات المهتمة بالاستثمار في الميدان الفلاحي  
ولإنجاز مهامها تتكون هندسة المشاريع من قسمين  :  

في حين أن مديرية تدبير المشاريع : ستعمل على تدبير مشاريع مخطط المغرب الأخضر، وتتبع الجودة والكلفة والآجال ومخاطر كل مشروع عبر عملية تقييم المشاريع، تحقيق الدور الداعم وتقديم التسهيلات في مناطق التغطية وتأسيس قاعدة وثائقية لتجميع واستغلال التجارب لفائدة المشاريع المستقبلية  
ولإنجاز مهامها تتكون مديرية تدبير المشاريع من  4أقسام  :  

أما مديرية الإدارية والمالية : فستعمل على السهر على التدبير الجيد للوكالة، تقديم الدعم لمديريات الوكالة في المجالات القانونية وتدبير الموارد البشرية ونظم الإعلاميات والمشتريات والشؤون اللوجيستيكية، البحث عن التمويل اللازم لدى مانحي الأموال الوطنيين والأجانب، مراقبة استعمال الموارد المالية، التخطيط والمراقبة المالية وتهيئ المجالس الإدارية وتدبير كراء الأراضي وكذا الشؤون القضائية والقانونية التي تترتب عن الممارسات اليومية للوكالة  
ولإنجاز مهامها تتكون مديرية الإدارية والمالية من  4أقسام 

بالإضافة إلى خلية التواصل : التي ستعمل على إعداد إستراتيجية وتنمية مخطط المغرب الأخضر مع تنظيم تظاهرات ومعارض وحملات إعلامية بتنسيق مع السلطات الحكومية والهيئات المعنية، إنشاء دعامات التواصل لفائدة المستثمرين ومختلف المتدخلين في الميدان الفلاحي وتحيين موقع الانترنت للوكالة بتنسيق مع مصلحة النظام المعلوماتي.