المديرية العامة مكلفة، طبقا للنصوص الجاري بها العمل:
- المشاركة في التعريف باستراتيجية الوكالة.
- وضع قواعد استتراتجية وعملية للوكالة وفقاً للمبادئ التوجيهية المعتمدة من قبل المجلس الإداري.
- إدارة السياسة العامة للوكالة على المدى القصير والمتوسط والبعيد مع كافة المديريات.
- تنسيق جميع أنشطة الوكالة (المالية والتجميع والهندسة وتتبع المشاريع والموارد) وتأطير الأطر الخاضعة تحت مسؤوليتها.
- تدبير العلاقات الخارجية للوكالة مع الإدارات والمؤسسات العمومية الأخرى والشركات ،والوزارات، في المغرب وفي الخارج ... والمشاركة في النهوض بالقطاع الفلاحي ومخطط المغرب الأخضر.